1、气味区别。
紫苏是唇形科、紫苏属一年生草本植物，藿香是唇形科、藿香属多年生草本植物，在外形上比较相似，但各自都有一种很独特的香气，基本上一闻就可以区分出来，紫苏的味道是有点像薄荷，但又有点辛辣，而藿香则是一种芳香味。
2、营养区别
紫苏中主要含有铁、钙、磷、胡萝卜素、维生素B1、维生素B2、维生素C、尼克酸等微量元素以及挥发油成分，可以供食用和香料用。而藿香是高钙、高胡萝卜素食品，还含有丰富的蛋白质、脂肪、碳水化合物、胡萝卜素、维生素B1、维生素B2、尼克酸、维生素C、钙、磷、铁等成分，也可供食用和作料用。
3、功效区别
紫苏的性味辛、温，归肺、脾经，有解表散寒、行气和胃、安胎以及发散精神之沉闷功效，在临床上常用于风寒感冒、咳嗽呕恶、妊娠呕吐、鱼蟹中毒等病症。而藿香的性味辛、微温，入肺、脾、胃经，有快气、和中、辟秽、祛湿的功效，在临床上常用于治感冒暑湿、寒热、头痛、胸脘痞闷、呕吐泄泻、疟疾、痢疾、口臭等症。
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