1、生长习性不同：
胡椒：胡椒生长于荫蔽的树林中。生长慢，耐热、耐寒、耐旱、耐风、耐剪、易移植。不耐水涝。栽培土质以肥沃的砂质壤土为佳，排水、光照需良好。
花椒：花椒常见于平原至海拔较高的山地，在青海，见于海拔2500米的坡地，也有栽种。耐旱，喜阳光，各地多栽种。
2、外观不同：
:胡椒：胡椒木质攀援藤本；茎、枝无毛，节显著膨大，常生小根。浆果球形，无柄，直径3～4毫米，成熟时红色，未成熟时干后变黑色。
花椒：花椒果紫红色，单个分果瓣径4-5毫米，散生微凸起的油点，顶端有甚短的芒尖或无；种子长3.5-4.5毫米。
3、功效不同：
胡椒：胡椒用于去胃气虚冷，宿食不消，霍乱气逆，心腹卒痛，冷气上冲，和气。
花椒：花椒用作中药，有温中行气、逐寒、止痛、杀虫等功效。治胃腹冷痛、呕吐、泄泻、血吸虫、蛔虫等症。又作表皮麻醉剂。
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