1、带鸡消毒。这是鸡舍消毒的方法中比较常见的一种，选择带鸡消毒时，要注意观察鸡群的生长情况，尽量选择对鸡群没有刺激或者刺激小的消毒剂（如聚维酮碘），采取喷雾的方式均匀地喷洒鸡舍，可以有效减少空气中的灰尘、有害气体等，控制鸡舍内的温湿度，预防鸡群呼吸道病。
2、消毒液消毒。使用消毒液消毒时，要注意从上到下进行，先消毒鸡舍顶部、天花板等、然后消毒固定设施、墙壁等，最后消毒鸡舍地面。消毒液要按照规定浓度进行配制，如每平方使用300-500ml的3%-5%氢氧化钠溶液，不能用于带鸡消毒和饮水消毒，消毒后空舍2-3周。
3、紫外线消毒。这种方法效果好，但是比较少见，属于物理消毒法。根据改变DNA分子结构造成致死性和使空气中氧气生成臭氧的氧化原理，用于对物体表面进行消毒，环境要求湿度不能过高。
4、饮水消毒。大多数病原体对高温抵抗力差，对于鸡群饮用水，保持60度持续15分钟，来达到杀灭大多数病原微生物的目的。在鸡群饮水中添加适量的消毒剂，防止水中的细菌进入鸡只体内造成肠胃感染引发鸡病，注意不能长期给鸡群饮用消毒水，容易破坏鸡体内肠道菌群，引起肠炎拉稀等。
5、熏蒸消毒。这种方法是将消毒剂蒸发，散发在空气中对抗病毒细菌，对鸡舍和鸡舍内的饲养设备进行消毒，适合空舍时使用。很多养殖户都选择使用甲醛进行消毒，但是这种方法会对鸡甚至人造成很大的危害。
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