1、流传版本不同
《素问》现存最早版本是金刻残本，尚存11卷；通行本是明嘉靖二十九年（1550）武陵顾从德影宋刻本。1949年后人民卫生出版社有影印本和排印本出版。
《灵枢》现存最早版本为元代后至元五年胡氏古林书堂刻本，另有明成化八年(1472)熊宗立种德堂刻本、嘉靖间吴悌刻本及赵府居敬堂刻本、清咸丰二年钱熙祚守山阁校刻本等，通行本为1964年人民卫生出版社据明代赵府居敬堂刻本刊行的影印本及铅印本等。
2、影响不同
《素问》作了较全面系统的论述，从而为祖国医学奠定了理论基础，千百年来，一直对临床实践起指导作用。不但为历代医家所宗，而现在中医运用的基础理论，仍以本书记述为主要依据，是祖国医学重要经典著作之一。
《灵枢》是全面系统总结我国汉代以前中医学理论、经络学说和针刺技术的经典性著作，为后世医学，尤其是针灸学的发展奠定了坚实的基础。
3、讲述的方面不同
《素问》书中从脏腑、经络、病机、诊法、治则、针灸、方药等各个方面，对人体生理活动、病理变化以及诊断、治疗。主要以讲养生和病因为主。
《灵枢》详细地介绍了古代九种常用针具的名称、形状和用途，讨论有关疾徐、迎随等针刺补泻手法等问题。主要以针灸为主。
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